La Cámara de Comptos está ubicada en un viejo caserón de la calle Ansoleaga de Pamplona, en pleno casco viejo de la ciudad. Esta sede, declarada Monumento Nacional en 1868, es la única muestra del gótico civil de Pamplona.
El edificio fue adquirido por el rey Carlos V de Navarra en 1524 para que la institución tuviera una sede estable. Hasta su desaparición en 1836, la Cámara de Comptos permaneció en este caserón, lugar donde también se acuñaba la moneda del Reino de Navarra.
Desaparecida la Cámara de Comptos, su riquísimo archivo se trasladó al Archivo General de Navarra y el edificio fue ocupado por la Comisión de Monumentos Históricos y Artísticos que en este mismo lugar puso en marcha el primer Museo de Navarra, inaugurado en junio de 1910.
Desde 1941 hasta diciembre de 1994 el edificio sirvió como sede de la Institución Príncipe de Viana, encargada de la conservación del patrimonio histórico-artístico de nuestra Comunidad Foral. Esta fue también la primera sede del Estudio General de Navarra, el germen de la Universidad privada de nuestra comunidad, cuyos estudiantes de Derecho y Periodismo permanecieron aquí hasta 1962.
En los primeros días de 1995, la Institución Príncipe de Viana se trasladó a su nueva sede en el edificio rehabilitado del antiguo convento de Santo Domingo, que desde la desamortización hasta el año 1976 sirvió de Hospital Militar de la Plaza. Con ello, tras las imprescindibles obras de acondicionamiento, la Cámara de Comptos, reinstaurada tras la normalización democrática de las Instituciones Forales de Navarra, recuperó la casa que ocupó ininterrumpidamente desde el año 1524 hasta el de 1836, en que fue oficialmente suprimida.
Por su aspecto exterior y por algunos detalles de su fábrica, debe de ser muy anterior a la fecha de su adaptación como Cámara de Comptos. Probablemente pudiera datar del siglo XIII. Es una sólida construcción de piedra, con un arco apuntado formado por dos recias platabandas, propias del gótico primario o de transición. Conserva varias ventanas apuntadas, con parteluz de sección cilíndrica y capitel de decoración simple. Sobre la puerta tiene un cuerpo de mayor elevación, a manera de torre. El escudo con las armas reales de España fue colocado a mediados del siglo XVIII. El corredor de acceso al patio interior se cubre con una recia bóveda de cañón apuntado.
En el patio, ajardinado, se conserva un antiguo pozo, una puerta y algunos restos arqueológicos procedentes de la desaparecida ermita de San Nicolás de Sangüesa, la inscripción latina mandada colocar por el virrey Cardona en 1601 en el lugar donde cayó herido San Ignacio de Loyola en 1521, un sepulcro gótico con estatua yacente y algunas otras piezas histórico-artísticas.
El archivo de Comptos está considerado la mejor fuente documental seriada de la Baja Edad Media de Europa. Fue la base del Archivo General de Navarra y en la actualidad supone aproximadamente un tercio del mismo.
El archivo de la Cámara de Comptos cuenta con una sección de unos 25.000 documentos de contenido muy variado: fueros municipales, títulos, escrituras, bulas, treguas, alianzas, juramentos de fidelidad y, en general, toda suerte de diplomas relativos tanto al gobierno interior como a las relaciones internacionales del Reino de Navarra. Junto a esta documentación, en número muy superior, se conservan los documentos contables de la antigua Cámara de Comptos, en cuanto tribunal de cuentas y órgano fiscalizador de la recaudación y el gasto de los caudales de las arcas reales.
Otra parte fundamental del archivo está formada por los llamados Registros de Comptos, los libros de cuentas que presentaban ante la Cámara de Comptos para su auditoría el tesorero, los recibidores de las cinco merindades -seis a partir de la creación de la de Olite en 1407-, los bailes de las ciudades y villas principales, y otros oficiales. Las cuentas van organizadas en los dos grandes capítulos de ingresos y gastos -recepta y expensa- y dentro de ellos en títulos específicos que se mantuvieron sin variación durante mucho tiempo. Algunos libros están dedicados a un asunto monográfico, que puede ser una ayuda o contribución extraordinaria, los gastos de una guerra, la construcción de un palacio, etc.
Se conservan los registros de Comptos desde 1258 hasta la desaparición de la Cámara en 1836. Todos los expertos han subrayado que se trata de una fuente de información fundamental para conocer la historia del Reino de Navarra.
Además de la documentación citada, existen Libros de Condenaciones y Penas dictadas por el Tribunal de la Cámara de Comptos, Libros de Tablas Reales (aduanas y portazgos del reino de Navarra) y Libros de Mercedes Reales. Estos últimos recogen, a partir de la incorporación de Navarra a la Corona de Castilla, los títulos, nombramientos, privilegios de la Corona, etc.
El Archivo de Comptos se completa con papeles sueltos, justificantes de cuentas, el archivo secreto de la Cámara que recoge cuestiones internas y el archivo del Tribunal de la Cámara de Comptos en el que se recogen sus sentencias.